BamTools は，coverage の計算などを行うときに，PileupEngine クラスを利用している。 PileupEngine クラスは，src/utils/bamtools_pileup_engine.cpp に実装されている。BamTools の PileupEngine を利用する機能は，いずれも高カバレッジデータに非常に弱…

$ time bamtools sort -in SLABR0002.Lane2_1.bam -out SLABR0002.Lane2_1.sort.bam BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.temp.1021 BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.bamreal 6m38.834s user 5m4.711s sys 0m7.…

$ samtools view **.sam -S -b -o **.bam これで良さそう。