BamTools は，coverage の計算などを行うときに，PileupEngine クラスを利用している。 PileupEngine クラスは，src/utils/bamtools_pileup_engine.cpp に実装されている。BamTools の PileupEngine を利用する機能は，いずれも高カバレッジデータに非常に弱…

$ time bamtools sort -in SLABR0002.Lane2_1.bam -out SLABR0002.Lane2_1.sort.bam BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.temp.1021 BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.bamreal 6m38.834s user 5m4.711s sys 0m7.…

$ samtools view **.sam -S -b -o **.bam これで良さそう。

最初のディレクトリを作成する。 $ mkdir HogeDir $ cd HogeDir HogeDir$ hg init これで，HogeDir/.hg ディレクトリが作成され，バージョン管理ができるようになる。レポジトリにファイルを追加する。 HogeDir$ hg add newfile.pdf adding newfile.pdf Hoge…

タイトルなど Computational methods for metabolic reconstruction Pitkanen et al., Curr Opin Biotechnol. (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★☆☆☆ 専門性：★★★☆☆ 面白度：★★★☆☆ 素人解説 ゲノム配列の解読ペースは，指数関数的に増加し続けている。ゲ…

http://lohasmedical.jp/news/2010/04/01172504.phpNIH の所長に Francis Collins 氏が着任したとき，ゲノム科学が個の医療に貢献する道筋はアメリカによって主導されてゆくのだと半分喜び，半分悲しんだ。がんセンター研究所長に中村祐輔教授が就任されるこ…

タイトルなど The genome of a songbird Wesley C. Warren et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★★☆ 専門性：★★★★☆ 面白度：★★★★★ 素人解説 鳴禽類（めいきんるい; songbird）は，キンカチョウ，ツグミ、ウグイス、ヒバリなど美しい鳴き声の…

ターミナルに標準出力する文字列を（部分的に）色づけすると，結果がとても見易くなる。 今までそんなことが可能だと知らずに生きてきてしまったが，Term::ANSIColor モジュールというとても便利なモジュールがあることを知った。 Sample Code 1: testColor.…

タイトルなど Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian population Stephen B. Montgomery et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★☆☆ 専門性：★★★☆☆ 素人解説：eQTL (expression quantitative trait loci)…

Mercurial は subversion と違って，各 working directory ごとに repository を作成する。 working directory 内でのバージョン管理を行うコマンドと，repository clone 間での更新をするためのコマンドが用意されている。まずは，repository clone を作っ…

今までは subversion でバージョン管理をしてきたが，Mercurial で論文執筆しているプロジェクトに加わることになったので，Mercurial のインストールを行った。 $ sudo port install mercurial > Computing dependencies for mercurial > Verifying checksu…

日付＆時間の操作を簡易化してくれる Perl module を探したところ，DateTime モジュールを見つけた。 CPAN のページの解説がとても分かりやすい。http://search.cpan.org/~drolsky/DateTime-0.55/lib/DateTime.pm今日の日付を得るためのスクリプト。 use Dat…

タイトルなど A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome Erin D. Pleasance et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★★☆ 専門性：★★★☆☆ 研究の背景 がん細胞のゲノムには変異が蓄積されている。 塩基置換 小…

png ファイルを eps ファイルに変換するために，ImageMagick の中に入っている convert コマンドを利用しようとしたら，エラーが出てしまった。 convert hoge.png -background white -flatten eps3:hoge.eps dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libjp…

個の医療についての理解を深めるため，Francis Collins 氏著の The Language of Life を読み始めました。 ここでは，Introduction を読み，考えたことを取り上げます。 ※注）要約ではありません。 診断とゲノム情報 Charcot-Marie-Tooth 病などの希少疾患は…

Mac で使える PDF ファイル編集ソフト（フリーウェア）を探してみた。 FormulatePro 決して多くの機能がある訳ではないが，フリーで手に入れば嬉しいけどそんなツールあんまりない，という機能を提供してくれている。 テキストの挿入 チェックマークの挿入（…

終わりましたー

PSB2010 の比較ゲノムチュートリアルのスライドを眺めました。 http://psb.stanford.edu/psb10/conference-materials/tutorials/compgen-slides.pdf僕は，比較ゲノムは様々なトピックを含むとても幅広い分野であるように考えている。 スライドの前半部分では…

新年明けましておめでとうございます。 今年もどうぞ宜しくお願いします。人生のテーマを設定しました。 新しい価値の創造 高い倫理意識 エトスの深化 現場主義 本業での目標を設定しました。 Impact factor 10 以上の論文を first author で 1 報 Impact fa…