参考文献： The sequence is dead: long live the genome. Nature Biotechnology 29, 463 (2011) doi:10.1038/nbt.1901 Published online 07 June 2011 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21654648 つい先日，ナツメヤシのゲノム解読論文が Nat. Biotech. …
NGS業界の市場規模って，どのくらいなのだろう？この問いに，興味はあっても，具体的な数字は知らなかった。そんなボクがふと，次の文章を読んだところで，驚いてしまった。イルミナの四半期売上が，$266.7 million。これは凄い。単純に４を掛けると，年単位…
SRA には controlled access なデータがあり，それらのデータは，dbGaP（Genotype and Phenotype; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gap）にアクセス許可を申請することでダウンロードができるようだ。dbGaP への申請は，このページからできる：…
久々に SRA からデータをダウンロードしようとしたら，ちょっとしたエラーが出てきた。正確には，ダウンロードのところではなく，sra-lite ファイルから fastq ファイルへ dump するところで。エラーメッセージは，こんな感じ。 fastq-dump -A SRR101400 -M …
もはや自分のためのメモでしかないのだけれども，RNA-Seq Blog にリストアップされていたコマーシャルツールを転載する。 Avidis NGS – http://www.avadis-ngs.com/applications/rna_seq CLC Genomics Workbench – http://www.clcbio.com/index.php?id=1240 …
え！？今まで使ったことないの？と言われてしまいそうであるが，そう，使ったことがなかったのだ。だって，多型解析やるの初めてなのですもの。実は。ということで，Annovar を初めて使ってみた。ウェブページを読みつつ，作業工程を書いてみることにする。0…
As Pacific Biosciences prepares to ship its PacBio RS single-molecule real-time sequencing system later this quarter, the company has released SMRT Analysis, an open-source, secondary-analysis software suite designed to handle the system's…
生命科学分野では，（Hoge et al., 2010）とかの引用スタイルが多い。今まで僕は，出版社が投稿用に用意してくれている tex のスタイルファイルを使ってきたからあんまり困らなかったのだけれど，今投稿準備をしているジャーナルは，tex のスタイルファイル…
すっかり GnuBIO に魅せられてしまったワタクシは，GnuBIO の最新情報を調べてみることにした。 Starting in June, it plans to place alpha instruments in the labs of a yet-to-be-determined number of early-access customers and to use their feedbac…
ChIP-Seq で，こんなこともできるのかぁ。と，改めて，そのすごさを実感した論文。 Meiotic recombination is initiated by the introduction of DNA double-stranded breaks (DSBs) by the protein SPO11, followed by resection of the ends to produce lo…
GnuBIO は，ちょうど第２世代（超並列）シーケンサーと第３世代（一分子超並列）シーケンサーの中間に位置しているように思う。だから，僕は，勝手に，GnuBIOを第2.5世代シーケンサーと呼ぶことにした。GnuBIOとは？ The GnuBIO system is based on emulsion…
１細胞シーケシングを用いて，がん組織の異質性を解明することを目的とした研究でした。（概要） 腫瘍組織を microdissection したのち，flow-sorting で１細胞を抽出しています。この研究では２つの腫瘍組織を解析していますが，各組織につき，100細胞の解…
$ bowtie --best --strata -m 1 --sam --minins 0 --maxins 500 --threads 16 --seedmms 1 で bowtie を実行したところ， $ Warning: Exhausted best-first chunk memory for read SLABR11.189826 HWUSI-EAS1730:2:1:19076:12775 PF=1 length=60/1 (patid 16…
BamTools は，coverage の計算などを行うときに，PileupEngine クラスを利用している。 PileupEngine クラスは，src/utils/bamtools_pileup_engine.cpp に実装されている。BamTools の PileupEngine を利用する機能は，いずれも高カバレッジデータに非常に弱…
$ time bamtools sort -in SLABR0002.Lane2_1.bam -out SLABR0002.Lane2_1.sort.bam BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.temp.1021 BGZF ERROR: unable to open file SLABR0002.Lane2_1.sort.bamreal 6m38.834s user 5m4.711s sys 0m7.…
$ samtools view **.sam -S -b -o **.bam これで良さそう。
最初のディレクトリを作成する。 $ mkdir HogeDir $ cd HogeDir HogeDir$ hg init これで，HogeDir/.hg ディレクトリが作成され，バージョン管理ができるようになる。レポジトリにファイルを追加する。 HogeDir$ hg add newfile.pdf adding newfile.pdf Hoge…
タイトルなど Computational methods for metabolic reconstruction Pitkanen et al., Curr Opin Biotechnol. (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★☆☆☆ 専門性：★★★☆☆ 面白度：★★★☆☆ 素人解説 ゲノム配列の解読ペースは，指数関数的に増加し続けている。ゲ…
http://lohasmedical.jp/news/2010/04/01172504.phpNIH の所長に Francis Collins 氏が着任したとき，ゲノム科学が個の医療に貢献する道筋はアメリカによって主導されてゆくのだと半分喜び，半分悲しんだ。がんセンター研究所長に中村祐輔教授が就任されるこ…
タイトルなど The genome of a songbird Wesley C. Warren et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★★☆ 専門性：★★★★☆ 面白度：★★★★★ 素人解説 鳴禽類（めいきんるい; songbird）は，キンカチョウ，ツグミ、ウグイス、ヒバリなど美しい鳴き声の…
ターミナルに標準出力する文字列を（部分的に）色づけすると，結果がとても見易くなる。 今までそんなことが可能だと知らずに生きてきてしまったが，Term::ANSIColor モジュールというとても便利なモジュールがあることを知った。 Sample Code 1: testColor.…
タイトルなど Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian population Stephen B. Montgomery et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★☆☆ 専門性：★★★☆☆ 素人解説：eQTL (expression quantitative trait loci)…
Mercurial は subversion と違って，各 working directory ごとに repository を作成する。 working directory 内でのバージョン管理を行うコマンドと，repository clone 間での更新をするためのコマンドが用意されている。まずは，repository clone を作っ…
今までは subversion でバージョン管理をしてきたが，Mercurial で論文執筆しているプロジェクトに加わることになったので，Mercurial のインストールを行った。 $ sudo port install mercurial > Computing dependencies for mercurial > Verifying checksu…
日付＆時間の操作を簡易化してくれる Perl module を探したところ，DateTime モジュールを見つけた。 CPAN のページの解説がとても分かりやすい。http://search.cpan.org/~drolsky/DateTime-0.55/lib/DateTime.pm今日の日付を得るためのスクリプト。 use Dat…
タイトルなど A comprehensive catalogue of somatic mutations from a human cancer genome Erin D. Pleasance et al., Nature (2010) 僕とこの論文の関係 読込度：★★★★☆ 専門性：★★★☆☆ 研究の背景 がん細胞のゲノムには変異が蓄積されている。 塩基置換 小…
png ファイルを eps ファイルに変換するために，ImageMagick の中に入っている convert コマンドを利用しようとしたら，エラーが出てしまった。 convert hoge.png -background white -flatten eps3:hoge.eps dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libjp…
個の医療についての理解を深めるため，Francis Collins 氏著の The Language of Life を読み始めました。 ここでは，Introduction を読み，考えたことを取り上げます。 ※注）要約ではありません。 診断とゲノム情報 Charcot-Marie-Tooth 病などの希少疾患は…
Mac で使える PDF ファイル編集ソフト（フリーウェア）を探してみた。 FormulatePro 決して多くの機能がある訳ではないが，フリーで手に入れば嬉しいけどそんなツールあんまりない，という機能を提供してくれている。 テキストの挿入 チェックマークの挿入（…
終わりましたー
