今までは subversion でバージョン管理をしてきたが，Mercurial で論文執筆しているプロジェクトに加わることになったので，Mercurial のインストールを行った。 $ sudo port install mercurial > Computing dependencies for mercurial > Verifying checksu…

png ファイルを eps ファイルに変換するために，ImageMagick の中に入っている convert コマンドを利用しようとしたら，エラーが出てしまった。 convert hoge.png -background white -flatten eps3:hoge.eps dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libjp…

Mac で使える PDF ファイル編集ソフト（フリーウェア）を探してみた。 FormulatePro 決して多くの機能がある訳ではないが，フリーで手に入れば嬉しいけどそんなツールあんまりない，という機能を提供してくれている。 テキストの挿入 チェックマークの挿入（…

xdvi で dvi ファイルを開くことができなくなってしまった。。 $ xdvi hoge.dvi & dyld: Library not loaded: /opt/local/lib/libjpeg.62.dylib Referenced from: /opt/local/bin/xdvi-motif Reason: image not found http://blog.iwa-ya.net/2009/12/27/094…

plainnat.bst は，共著者が 3 人以上である場合， Hoge et al. (2009) のように出力してくれる。 この "et al." の部分をイタリックにしたいと思い，plainnat.bst を編集することにした。 $ cp /opt/local/share/texmf-dist/bibtex/bst/natbib/plainnat.bst …

BioPAX 形式のネットワークを図示化する必要があったので，色々調べてみた。 BioPAX の図示化に利用可能なソフトウェアの一覧を見つけた Biological software supporting BioPAX http://biopaxwiki.org/cgi-bin/moin.cgi/Biological_software_supporting_Bio…

logomat-m は，profile HMM で表現されている配列モチーフ情報を，sequence logo の拡張である hmm logo として図示化してくれるソフトウェアである。 論文：HMM Logos for visualization of protein families, BMC Bioinformatics (2004) Web：http://www.s…

PDL は Perl の言語拡張モジュール。 行列計算などの数値計算や，図示化の機能を拡張してくれているらしい。 Perl で固有値計算をしたいときなどに使えそう。MacBook (Mac OS X 10.5.8) へのインストールを試みた。 $ port search PDL p5-pdl @2.4.3 (perl) …