logomat-m のインストール

Sequence Analysis Perl Mac

logomat-m は，profile HMM で表現されている配列モチーフ情報を，sequence logo の拡張である hmm logo として図示化してくれるソフトウェアである。
論文：HMM Logos for visualization of protein families, BMC Bioinformatics (2004)
Web：http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/software/analysis/logomat-m.cgi

HMMER の学習結果（hmmbuild）を図示化するのに，便利そう。
このソフトウェアをローカルでも使えるように，インストールすることにした。

まず，Perl Data Language (PDL) がインストールされていることが必要。
PDL のインストール

PDL をインストールしたのちの手順。

$ sudo cpan -i Imager
...
/usr/bin/make install -- OK
$ wget ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/logomat-m/logomat-m.tar.gz
...
$ tar zxvf logomat-m.tar.gz
HMM-0.7.8/
HMM-0.7.8/Changes
HMM-0.7.8/HMM/
HMM-0.7.8/HMM/Alignment.pm
HMM-0.7.8/HMM/Profile.pm
HMM-0.7.8/HMM/Utilities.pm
HMM-0.7.8/HMM.pm
HMM-0.7.8/Makefile.PL
HMM-0.7.8/MANIFEST
HMM-0.7.8/META.yml
HMM-0.7.8/README
HMM-0.7.8/t/
HMM-0.7.8/t/Profile.t
HMM-0.7.8/test.pl
$ cd HMM-0.7.8/
$ perl Makefile.PL
Checking if your kit is complete...
Looks good
Writing Makefile for HMM
$ make
cp HMM/Profile.pm blib/lib/HMM/Profile.pm
cp HMM/Alignment.pm blib/lib/HMM/Alignment.pm
cp HMM.pm blib/lib/HMM.pm
cp HMM/Utilities.pm blib/lib/HMM/Utilities.pm
Manifying blib/man3/HMM::Profile.3
Manifying blib/man3/HMM::Alignment.3
Manifying blib/man3/HMM::Utilities.3
Manifying blib/man3/HMM.3
$ make test
PERL_DL_NONLAZY=1 /opt/local/bin/perl "-MExtUtils::Command::MM" "-e" "test_harness(0, 'blib/lib', 'blib/arch')" t/*.t
t/Profile.t .. ok
All tests successful.
Files=1, Tests=1, 0 wallclock secs ( 0.02 usr 0.01 sys + 0.12 cusr 0.04 csys = 0.19 CPU)
Result: PASS
PERL_DL_NONLAZY=1 /opt/local/bin/perl "-Iblib/lib" "-Iblib/arch" test.pl
1..1
ok 1
$ sudo make install
Appending installation info to /opt/local/lib/perl5/5.8.8/darwin-2level/perllocal.pod

無事インストールできた。
どうやら，logomat-p も同時にインストールできたみたいだ。
logomat-p は，profile HMM で表現されている配列モチーフ情報を，比較するためのソフトウェア。
2 つの配列モチーフ（2 つの hmmbuild の出力ファイル）を入力として，モチーフ間の profile alignment を計算し，その結果を図示化してくれる。
論文：Visualizing profile-profile alignment: pairwise HMM logos, Bioinformatics (2005).
Web Server：http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/software/analysis/logomat-p.cgi