RNA-Seq Blog | RNA-Seq Analysis Software – Commercial Packages

NGS RNA-Seq

もはや自分のためのメモでしかないのだけれども，RNA-Seq Blog にリストアップされていたコマーシャルツールを転載する。 Avidis NGS – http://www.avadis-ngs.com/applications/rna_seq CLC Genomics Workbench – http://www.clcbio.com/index.php?id=1240 …

2011-04-28

Annovar を使ってみる（マウス編）

NGS VariantAnalysis

え！？今まで使ったことないの？と言われてしまいそうであるが，そう，使ったことがなかったのだ。だって，多型解析やるの初めてなのですもの。実は。ということで，Annovar を初めて使ってみた。ウェブページを読みつつ，作業工程を書いてみることにする。0…

2011-04-28

PacBio社が第三世代シーケンサー用二次解析ツールSMRTをオープンソースで配布

NGS PacBio

As Pacific Biosciences prepares to ship its PacBio RS single-molecule real-time sequencing system later this quarter, the company has released SMRT Analysis, an open-source, secondary-analysis software suite designed to handle the system's…

2011-04-23

生命科学論文を書くための文献スタイル

TeX

生命科学分野では，（Hoge et al., 2010）とかの引用スタイルが多い。今まで僕は，出版社が投稿用に用意してくれている tex のスタイルファイルを使ってきたからあんまり困らなかったのだけれど，今投稿準備をしているジャーナルは，tex のスタイルファイル…

2011-04-22

GnuBIO 続報

NGS GnuBIO

すっかり GnuBIO に魅せられてしまったワタクシは，GnuBIO の最新情報を調べてみることにした。 Starting in June, it plans to place alpha instruments in the labs of a yet-to-be-determined number of early-access customers and to use their feedbac…

2011-04-22

Genome-wide analysis reveals novel molecular features of mouse recombination hotspots | Smagulova et al. Nature 2011 | ChIP-Seq を使って組換えホットスポットを高解像度（200-nucleotide precision）にマッピング

NGS ChIP-Seq Paper

ChIP-Seq で，こんなこともできるのかぁ。と，改めて，そのすごさを実感した論文。 Meiotic recombination is initiated by the introduction of DNA double-stranded breaks (DSBs) by the protein SPO11, followed by resection of the ends to produce lo…

2011-04-20

GnuBIO（革命的第2.5世代シーケンサー）

NGS GnuBIO

GnuBIO は，ちょうど第２世代（超並列）シーケンサーと第３世代（一分子超並列）シーケンサーの中間に位置しているように思う。だから，僕は，勝手に，GnuBIOを第2.5世代シーケンサーと呼ぶことにした。GnuBIOとは？ The GnuBIO system is based on emulsion…