fastq-dump.1.1.1 -> fastq-dump.1.2.0

久々に SRA からデータをダウンロードしようとしたら，ちょっとしたエラーが出てきた。正確には，ダウンロードのところではなく，sra-lite ファイルから fastq ファイルへ dump するところで。

エラーメッセージは，こんな感じ。

fastq-dump -A SRR101400 -M 0 /Path/To/SRA/SRRXXXXXX.lite.sra
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump WARNING: path not found while selecting metadata within database module - physical column 'ALTREAD' failed to resolve
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump WARNING: path not found while selecting metadata within database module - physical column 'QUALITY' failed to resolve
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump WARNING: path not found while selecting metadata within database module - physical column 'READ' failed to resolve
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump WARNING: path not found while selecting metadata within database module - physical column 'READ_LEN' failed to resolve
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump WARNING: path not found while selecting metadata within database module - physical column 'READ_START' failed to resolve
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump ERROR: type not found while resolving type within virtual database module - requested column name '.READ_TYPE' was found in metadata but failed to resolve type 'INSDC:SRA:xread_type'.
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump ERROR: type not found while resolving type within virtual database module - failed to resolve column 'read_type', type { 49, 1 }
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump ERROR: type not found while resolving type within virtual database module - failed to resolve column 'cs_key', type { 37, 1 }
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump ERROR: type not found while resolving type within virtual database module - failed to resolve column 'CS_KEY', type { 37, 1 }
2011-05-02 11:19:11 fastq-dump ERROR: type not found while resolving type within virtual database module - failed to open '/Path/To/SRA/SRRXXXXXX.lite.sra'

このエラーの原因は，fastq-dump のバージョンが古くなっていたことだった。このエラーが出たときは，（たぶん）1.1.1 を使っていたのだけれども，1.2.0 にバージョンアップしたら，エラーが消えてくれた。