2011-01-01から1年間の記事一覧
参考文献： The sequence is dead: long live the genome. Nature Biotechnology 29, 463 (2011) doi:10.1038/nbt.1901 Published online 07 June 2011 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21654648 つい先日，ナツメヤシのゲノム解読論文が Nat. Biotech. …
NGS業界の市場規模って，どのくらいなのだろう？この問いに，興味はあっても，具体的な数字は知らなかった。そんなボクがふと，次の文章を読んだところで，驚いてしまった。イルミナの四半期売上が，$266.7 million。これは凄い。単純に４を掛けると，年単位…
SRA には controlled access なデータがあり，それらのデータは，dbGaP（Genotype and Phenotype; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gap）にアクセス許可を申請することでダウンロードができるようだ。dbGaP への申請は，このページからできる：…
久々に SRA からデータをダウンロードしようとしたら，ちょっとしたエラーが出てきた。正確には，ダウンロードのところではなく，sra-lite ファイルから fastq ファイルへ dump するところで。エラーメッセージは，こんな感じ。 fastq-dump -A SRR101400 -M …
もはや自分のためのメモでしかないのだけれども，RNA-Seq Blog にリストアップされていたコマーシャルツールを転載する。 Avidis NGS – http://www.avadis-ngs.com/applications/rna_seq CLC Genomics Workbench – http://www.clcbio.com/index.php?id=1240 …
え！？今まで使ったことないの？と言われてしまいそうであるが，そう，使ったことがなかったのだ。だって，多型解析やるの初めてなのですもの。実は。ということで，Annovar を初めて使ってみた。ウェブページを読みつつ，作業工程を書いてみることにする。0…
As Pacific Biosciences prepares to ship its PacBio RS single-molecule real-time sequencing system later this quarter, the company has released SMRT Analysis, an open-source, secondary-analysis software suite designed to handle the system's…
生命科学分野では，（Hoge et al., 2010）とかの引用スタイルが多い。今まで僕は，出版社が投稿用に用意してくれている tex のスタイルファイルを使ってきたからあんまり困らなかったのだけれど，今投稿準備をしているジャーナルは，tex のスタイルファイル…
すっかり GnuBIO に魅せられてしまったワタクシは，GnuBIO の最新情報を調べてみることにした。 Starting in June, it plans to place alpha instruments in the labs of a yet-to-be-determined number of early-access customers and to use their feedbac…
ChIP-Seq で，こんなこともできるのかぁ。と，改めて，そのすごさを実感した論文。 Meiotic recombination is initiated by the introduction of DNA double-stranded breaks (DSBs) by the protein SPO11, followed by resection of the ends to produce lo…
GnuBIO は，ちょうど第２世代（超並列）シーケンサーと第３世代（一分子超並列）シーケンサーの中間に位置しているように思う。だから，僕は，勝手に，GnuBIOを第2.5世代シーケンサーと呼ぶことにした。GnuBIOとは？ The GnuBIO system is based on emulsion…
１細胞シーケシングを用いて，がん組織の異質性を解明することを目的とした研究でした。（概要） 腫瘍組織を microdissection したのち，flow-sorting で１細胞を抽出しています。この研究では２つの腫瘍組織を解析していますが，各組織につき，100細胞の解…
$ bowtie --best --strata -m 1 --sam --minins 0 --maxins 500 --threads 16 --seedmms 1 で bowtie を実行したところ， $ Warning: Exhausted best-first chunk memory for read SLABR11.189826 HWUSI-EAS1730:2:1:19076:12775 PF=1 length=60/1 (patid 16…
