bowtie: Warning: Exhausted best-first chunk memory for read ...

NGS

$ bowtie --best --strata -m 1 --sam --minins 0 --maxins 500 --threads 16 --seedmms 1

で bowtie を実行したところ，

$ Warning: Exhausted best-first chunk memory for read SLABR11.189826 HWUSI-EAS1730:2:1:19076:12775 PF=1 length=60/1 (patid 164664); skipping read
$ Warning: Exhausted best-first chunk memory for read SLABR11.189853 HWUSI-EAS1730:2:1:2362:12787 PF=1 length=60/1 (patid 164687); skipping read
$ ...

という山のような warning がでてきた。

$ bowtie --best --strata -m 1 --sam --minins 0 --maxins 500 --threads 16 --seedmms 1 --chunkmbs 1024

    • chunkmbs を指定してあげることで解決。