ゲノム解読論文は publication に値するか？
参考文献：
The sequence is dead: long live the genome.
Nature Biotechnology 29, 463 (2011) doi:10.1038/nbt.1901
Published online 07 June 2011
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21654648
つい先日，ナツメヤシのゲノム解読論文が Nat. Biotech. に掲載された。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21623354
ナツメヤシのゲノムサイズは，~380Mb。
シークエンシング＆アセンブリ手法の概要は下記の通り：
we used the Genome Analyzer IIx to generate sequences 36–84 bp in length from genomic fragments of ~170 bp or ~370 bp. We assembled the genome by using the SOAPdenovo genome assembler...（中略）We used the SOAP Correction Tool to correct sequence reads before
assembly and closed gaps where possible with the SOAP GapCloser.
得られた contig / scaffold のサマリーは下記の通り：
Contig N50 size = 6,441bp
Scaffold N50 size = 9,339bp (NGS data only)
Scaffold N50 size = 30,480bp (NGS data with restriction map)
今回紹介する記事は，このナツメヤシの論文が，何故 Nat. Biotech. という高 IF ジャーナルへの publication に値するのか，に対しての Nat. Biotech. 誌の見解を述べている。
ボクがラフに読んだ限りでの要点を列挙する：
- ゲノム解読はもはやルーチンワークになりつつある。単一の高等生物ゲノムを解読しただけの論文は，今後，高 IF ジャーナルから姿を消してゆくことだろう。
- 一方で，ゲノム配列情報がその後の研究を促進する側面は否定できない。そのため，Nat. Biotech. 誌は，今後もゲノム解読論文を掲載する。
Nat. Biotech. 誌のゲノム解読論文に対する姿勢について，もう少し詳しく紹介する。
For all these reasons, Nature Biotechnology fully expects to continue publishing whole genome sequence papers. These papers will be of interest to a broad biotech audience because they reveal biologically or commercially relevant insights―insights that could have arisen only from a genome-wide analysis―or they report technical breakthroughs (e.g., the sequencing of complex genomes that are highly polyploid or outbred/heterogeneous in nature). Expect to see more papers that describe not one but many genomes where the value arises from comparisons of different sequences.
生物学的または商業的にオモシロい生物のゲノム解読論文は掲載しますよ。複数種よんで比較ゲノム解析しているゲノム解読論文はウェルカムですよ。ということらしい。
Nat. Biotech. 誌同様，Nat. Genet. 誌もまた，最近ゲノム解読論文を掲載している印象がある。
